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   颜林林的回复  | 数螺 | NAUT IDEA
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      <a href="/databee">
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        数螺
       </p>
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     <div class="hidden-xs col-sm-6 text-right">
      <p>
       致力于数据科学的推广和知识传播
      </p>
     </div>
    </div>
   </div>
  </div>
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   <h1>
    颜林林的回复
   </h1>
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         <h1 class="entry-title">
          颜林林
         </h1>
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              <li class="">
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                <a class="url fn n" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="me" title="颜林林的档案">
                 档案
                </a>
               </span>
              </li>
              <li class="">
               <span class="bbp-user-topics-created-link">
                <a href="http://cos.name/cn/profile/88774/topics/" title="颜林林发起的主题">
                 发起的主题
                </a>
               </span>
              </li>
              <li class="current">
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                <a href="http://cos.name/cn/profile/88774/replies/" title="颜林林创建的回复">
                 创建的回复
                </a>
               </span>
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              <li class="">
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                 收藏夹
                </a>
               </span>
              </li>
             </ul>
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             <h2 class="entry-title">
              回复的主题
             </h2>
             <div class="bbp-user-section">
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                查看 15 个帖子 - 976 到 990（总计 1,126 个）
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                 …
                </span>
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                 67
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                 …
                </span>
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                 76
                </a>
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                 →
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               </div>
              </div>
              <ul class="forums bbp-replies" id="topic-0-replies">
               <li class="bbp-header">
                <div class="bbp-reply-author">
                 作者
                </div>
                <!-- .bbp-reply-author -->
                <div class="bbp-reply-content">
                 帖子
                </div>
                <!-- .bbp-reply-content -->
               </li>
               <!-- .bbp-header -->
               <li class="bbp-body">
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275137">
                 <div class="bbp-meta">
                  <span class="bbp-reply-post-date">
                   2009年7月31日 下午12:20
                  </span>
                  <span class="bbp-header">
                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15929/">
                    求助一个确定赢家输家的数据处理
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15929/#post-275137">
                   4 楼
                  </a>
                  <span class="bbp-admin-links">
                  </span>
                 </div>
                 <!-- .bbp-meta -->
                </div>
                <!-- #post-275137 -->
                <div class="odd bbp-parent-forum-999 bbp-parent-topic-15929 bbp-reply-position-4 user-id-88774 post-275137 reply type-reply status-publish hentry">
                 <div class="bbp-reply-author">
                  <a class="bbp-author-avatar" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   <img src="http://sdn.geekzu.org/avatar/0401b41c54beb67d8387daef8cf8f47a?s=80&amp;d=monsterid&amp;r=g"/>
                  </a>
                  <br/>
                  <a class="bbp-author-name" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   颜林林
                  </a>
                  <br/>
                  <div class="bbp-author-role">
                   站长
                  </div>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-author -->
                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   我到现在还是没有看得太明白。有几个问题先问一下：
                   <br/>
                   1、如果等于中位数，算赢家还是输家？
                   <br/>
                   2、每一年的数据，都是确定只有两个时期（q1、q2）吗？
                   <br/>
                   3、检验的意义是什么？是为了解决什么问题？
                  </p>
                  <p>
                   按照你最初给的例子数据，我简单写了这么两行代码：
                  </p>
                  <pre class="highlight ">x &lt;- read.table("data.txt") # 读取结果
y &lt;- as.data.frame(lapply(x, function(t) ifelse(t &gt; median(t), "W", "L"))) # 计算输赢
z &lt;- table(y)
chisq.test(z)
fisher.test(z)
</pre>
                  <p>
                   不知道是否能有所帮助。
                  </p>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275136">
                 <div class="bbp-meta">
                  <span class="bbp-reply-post-date">
                   2009年7月31日 下午12:01
                  </span>
                  <span class="bbp-header">
                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15614/">
                    如何计算网站栏目的可读性？
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15614/#post-275136">
                   10 楼
                  </a>
                  <span class="bbp-admin-links">
                  </span>
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                 <div class="bbp-reply-author">
                  <a class="bbp-author-avatar" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   <img src="http://sdn.geekzu.org/avatar/0401b41c54beb67d8387daef8cf8f47a?s=80&amp;d=monsterid&amp;r=g"/>
                  </a>
                  <br/>
                  <a class="bbp-author-name" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   颜林林
                  </a>
                  <br/>
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                 <!-- .bbp-reply-author -->
                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   方差只是反映文章的点击量差异，跟整个栏目的可读性之间的关系似乎不容易确定呢。
                  </p>
                  <p>
                   既然楼主本人也没有一个确定的可读性定义，那么或者可以简单起见，使用点击量的几何平均数来粗略描述。除了上面的A、B个例子，我另外增加了几个数据，程序如下：
                  </p>
                  <pre class="highlight ">data &lt;- list(
    a = c(100, rep(0, 99)),
    b = rep(1, 100),
    c = c(100, rep(1, 99)),
    d = rep(2, 100),
    e = c(rep(30, 50), rep(50, 50))
)

f &lt;- function(x) prod(x) ^ (1 / length(x))
lapply(data, f)
</pre>
                  <p>
                   结果如下：
                  </p>
                  <pre class="highlight ">$a
[1] 0

$b
[1] 1

$c
[1] 1.047129

$d
[1] 2

$e
[1] 38.72983
</pre>
                  <p>
                   的确存在“较差的文章拖了较好文章的后腿”的情况，而且是用几何平均数，结果也会更加接近较小的值。不过，既然是评判整个栏目，那么较差的文章多，较好的文章少，自然也不应该算作好栏目吧？
                  </p>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275135">
                 <div class="bbp-meta">
                  <span class="bbp-reply-post-date">
                   2009年7月31日 上午11:17
                  </span>
                  <span class="bbp-header">
                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/12428/">
                    怎么样威望值会高点？
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/12428/page/4/#post-275135">
                   57 楼
                  </a>
                  <span class="bbp-admin-links">
                  </span>
                 </div>
                 <!-- .bbp-meta -->
                </div>
                <!-- #post-275135 -->
                <div class="odd bbp-parent-forum-998 bbp-parent-topic-12428 bbp-reply-position-57 user-id-88774 post-275135 reply type-reply status-publish hentry">
                 <div class="bbp-reply-author">
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                  </a>
                  <br/>
                  <a class="bbp-author-name" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   颜林林
                  </a>
                  <br/>
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                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-author -->
                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   我也一直搞不懂，莫名其妙就多了好多好多威望 [s:14]
                   <br/>
                   看来我还是适合像英文版那样的简单论坛
                  </p>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275115">
                 <div class="bbp-meta">
                  <span class="bbp-reply-post-date">
                   2009年7月31日 上午4:05
                  </span>
                  <span class="bbp-header">
                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/14100/">
                    目前统计学哪些研究方向比较热门？
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/14100/page/2/#post-275115">
                   16 楼
                  </a>
                  <span class="bbp-admin-links">
                  </span>
                 </div>
                 <!-- .bbp-meta -->
                </div>
                <!-- #post-275115 -->
                <div class="even bbp-parent-forum-991 bbp-parent-topic-14100 bbp-reply-position-16 user-id-88774 post-275115 reply type-reply status-publish hentry">
                 <div class="bbp-reply-author">
                  <a class="bbp-author-avatar" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
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                  </a>
                  <br/>
                  <a class="bbp-author-name" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   颜林林
                  </a>
                  <br/>
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                   站长
                  </div>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-author -->
                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   贝叶斯网络我不清楚，但我知道，作为动态贝叶斯网络的一个简单特例的隐马科夫模型，确实在生物信息学中被广泛运用。
                  </p>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275106">
                 <div class="bbp-meta">
                  <span class="bbp-reply-post-date">
                   2009年7月30日 下午5:45
                  </span>
                  <span class="bbp-header">
                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15499/">
                    COS的复制代码功能出问题了？
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15499/#post-275106">
                   6 楼
                  </a>
                  <span class="bbp-admin-links">
                  </span>
                 </div>
                 <!-- .bbp-meta -->
                </div>
                <!-- #post-275106 -->
                <div class="odd bbp-parent-forum-988 bbp-parent-topic-15499 bbp-reply-position-6 user-id-88774 post-275106 reply type-reply status-publish hentry">
                 <div class="bbp-reply-author">
                  <a class="bbp-author-avatar" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   <img src="http://sdn.geekzu.org/avatar/0401b41c54beb67d8387daef8cf8f47a?s=80&amp;d=monsterid&amp;r=g"/>
                  </a>
                  <br/>
                  <a class="bbp-author-name" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   颜林林
                  </a>
                  <br/>
                  <div class="bbp-author-role">
                   站长
                  </div>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-author -->
                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   话说回来，现在的 pre 方式显示的代码实在挺丑陋的。
                  </p>
                  <p>
                   我发现那个SyntaxHighlighter2看起来是很不错，包括自动换行、语法加亮等等。我现在把它加到了在自己的wordpress中，不过直接安装的插件似乎有问题，我就从它网站（
                   <a class="d4pbbc-url" href="http://alexgorbatchev.com/wiki/SyntaxHighlighter" rel="nofollow" target="_blank">
                    http://alexgorbatchev.com/wiki/SyntaxHighlighter
                   </a>
                   ）上下载了最新的脚本来更新，感觉效果的确很好。对 R 语言的支持，也就增加一个.js文件，把关键词、函数名加进去就行。我试了一下，IE8 和 FF3.5的拷贝都没有问题，而且就算真不行，它也还有弹出窗口，用textarea显示源码的方式。
                  </p>
                  <p>
                   就不知道能不能引入到COS论坛中来。
                  </p>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275105">
                 <div class="bbp-meta">
                  <span class="bbp-reply-post-date">
                   2009年7月30日 下午5:30
                  </span>
                  <span class="bbp-header">
                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15664/">
                    內存舊問題, 爬文後仍不會的提問
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15664/#post-275105">
                   11 楼
                  </a>
                  <span class="bbp-admin-links">
                  </span>
                 </div>
                 <!-- .bbp-meta -->
                </div>
                <!-- #post-275105 -->
                <div class="even bbp-parent-forum-999 bbp-parent-topic-15664 bbp-reply-position-11 user-id-88774 post-275105 reply type-reply status-publish hentry">
                 <div class="bbp-reply-author">
                  <a class="bbp-author-avatar" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   <img src="http://sdn.geekzu.org/avatar/0401b41c54beb67d8387daef8cf8f47a?s=80&amp;d=monsterid&amp;r=g"/>
                  </a>
                  <br/>
                  <a class="bbp-author-name" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   颜林林
                  </a>
                  <br/>
                  <div class="bbp-author-role">
                   站长
                  </div>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-author -->
                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   是的，ff 返回的是一个对象（或list）：
                   <br/>
                   &gt; typeof(ff(1:9, dim=c(3,3)))
                   <br/>
                   [1] "list"
                   <br/>
                   &gt; mode(ff(1:9, dim=c(3,3)))
                   <br/>
                   [1] "list"
                   <br/>
                   &gt; class(ff(1:9, dim=c(3,3)))
                   <br/>
                   [1] "ff_matrix" "ff_array"  "ff"
                  </p>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275104">
                 <div class="bbp-meta">
                  <span class="bbp-reply-post-date">
                   2009年7月30日 下午5:19
                  </span>
                  <span class="bbp-header">
                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15951/">
                    如何在R中画半圆？
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15951/#post-275104">
                   5 楼
                  </a>
                  <span class="bbp-admin-links">
                  </span>
                 </div>
                 <!-- .bbp-meta -->
                </div>
                <!-- #post-275104 -->
                <div class="odd bbp-parent-forum-999 bbp-parent-topic-15951 bbp-reply-position-5 user-id-88774 post-275104 reply type-reply status-publish hentry">
                 <div class="bbp-reply-author">
                  <a class="bbp-author-avatar" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   <img src="http://sdn.geekzu.org/avatar/0401b41c54beb67d8387daef8cf8f47a?s=80&amp;d=monsterid&amp;r=g"/>
                  </a>
                  <br/>
                  <a class="bbp-author-name" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   颜林林
                  </a>
                  <br/>
                  <div class="bbp-author-role">
                   站长
                  </div>
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                 <!-- .bbp-reply-author -->
                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   看了一下 pie 的实现，它用的也是 polygon。既然要画多个，那就自己封装一个函数好了：
                  </p>
                  <pre class="highlight ">draw.pie &lt;- function(x, y, r, init.angle = 0, angle = 180, ...) {
    t &lt;- seq(from = init.angle, to = init.angle + angle, by = sign(angle)) * pi / 180
    polygon(c(x, x + r * cos(t)), c(y, y + r * sin(t)), ...)
}

plot(c(-1, 1), c(-1, 1), type = "n")
draw.pie(0, 0, 0.6, col = "blue")
draw.pie(0, 0, 0.5, 90, 210, col = "red")
draw.pie(0, 0, 0.4, 135, 180, col = "yellow", border = FALSE)
draw.pie(0, 0, 0.3, 180, 90, col = "green", border = FALSE)
</pre>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275102">
                 <div class="bbp-meta">
                  <span class="bbp-reply-post-date">
                   2009年7月30日 下午4:43
                  </span>
                  <span class="bbp-header">
                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15955/">
                    请教一个极限问题，请大家看看是不是很弱
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15955/#post-275102">
                   6 楼
                  </a>
                  <span class="bbp-admin-links">
                  </span>
                 </div>
                 <!-- .bbp-meta -->
                </div>
                <!-- #post-275102 -->
                <div class="even bbp-parent-forum-991 bbp-parent-topic-15955 bbp-reply-position-6 user-id-88774 post-275102 reply type-reply status-publish hentry">
                 <div class="bbp-reply-author">
                  <a class="bbp-author-avatar" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
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                  </a>
                  <br/>
                  <a class="bbp-author-name" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   颜林林
                  </a>
                  <br/>
                  <div class="bbp-author-role">
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                 <!-- .bbp-reply-author -->
                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   简单看了下curve的源码，有一句“y &lt;- eval(expr, envir = list(x = x), enclos = parent.frame())”。好像用 curve 或 plot 画函数图形时，通过 x 计算 y 时，它们都用了类似 y &lt;- FUN(x) 的调用。也就是说，把整个自变量的向量一次性传给了函数进行计算。
                  </p>
                  <p>
                   我也写了一下上面的函数：
                   <br/>
                   &gt; f &lt;- function(n) mean((1:n) ^ (1 / 1:n))
                   <br/>
                   &gt; curve(f, 1, 100)
                   <br/>
                   Error in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log) :
                   <br/>
                   'x' and 'y' lengths differ
                   <br/>
                   In addition: Warning messages:
                   <br/>
                   1: In 1:n : numerical expression has 101 elements: only the first used
                   <br/>
                   2: In 1:n : numerical expression has 101 elements: only the first used
                  </p>
                  <p>
                   提示的“only the first used”很可能是把一个序列传给了 f，而我们的函数 f 只把它当作单个数值来用。
                  </p>
                  <p>
                   于是，我把函数改成：
                   <br/>
                   &gt; f &lt;- function(x) sapply(x, function(n) mean((1:n) ^ (1 / (1:n))))
                   <br/>
                   &gt; curve(f, 1, 100)
                  </p>
                  <p>
                   然后画图就成功了。
                  </p>
                  <p>
                   函数是先增大，再减小的图形。
                   <br/>
                   似乎是在x = 6的时候最大。
                   <br/>
                   &gt; which(f(1:100) %in% max(f(1:100)))
                   <br/>
                   [1] 6
                  </p>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275100">
                 <div class="bbp-meta">
                  <span class="bbp-reply-post-date">
                   2009年7月30日 下午4:10
                  </span>
                  <span class="bbp-header">
                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15614/">
                    如何计算网站栏目的可读性？
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15614/#post-275100">
                   8 楼
                  </a>
                  <span class="bbp-admin-links">
                  </span>
                 </div>
                 <!-- .bbp-meta -->
                </div>
                <!-- #post-275100 -->
                <div class="odd bbp-parent-forum-994 bbp-parent-topic-15614 bbp-reply-position-8 user-id-88774 post-275100 reply type-reply status-publish hentry">
                 <div class="bbp-reply-author">
                  <a class="bbp-author-avatar" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
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                  </a>
                  <br/>
                  <a class="bbp-author-name" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   颜林林
                  </a>
                  <br/>
                  <div class="bbp-author-role">
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                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-author -->
                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   这种算法好像有问题吧？
                  </p>
                  <p>
                   mean 越大体现点击量越大，这个可以理解；但 sd 越大，可读性也越大，这个该怎么理解呢？
                  </p>
                  <p>
                   还拿楼主开始举的例子来看：
                   <br/>
                   &gt; a &lt;- c(100, rep(0, 99)) # 1篇点击100次，99篇点击0次
                   <br/>
                   &gt; b &lt;- rep(1, 100)            # 100篇每篇点击1次
                   <br/>
                   &gt; c(mean_a = mean(a), mean_b = mean(b), sd_a = sd(a), sd_b = sd(b))
                   <br/>
                   mean_a mean_b   sd_a   sd_b
                   <br/>
                   1         1                10         0
                   <br/>
                   这时不管u和v怎么选择（0~1之间），KA 都比 KB 要大，也就是得出 A 比 B 可读性更高。
                  </p>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275097">
                 <div class="bbp-meta">
                  <span class="bbp-reply-post-date">
                   2009年7月30日 下午3:38
                  </span>
                  <span class="bbp-header">
                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/14100/">
                    目前统计学哪些研究方向比较热门？
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/14100/#post-275097">
                   14 楼
                  </a>
                  <span class="bbp-admin-links">
                  </span>
                 </div>
                 <!-- .bbp-meta -->
                </div>
                <!-- #post-275097 -->
                <div class="even bbp-parent-forum-991 bbp-parent-topic-14100 bbp-reply-position-14 user-id-88774 post-275097 reply type-reply status-publish hentry">
                 <div class="bbp-reply-author">
                  <a class="bbp-author-avatar" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   <img src="http://sdn.geekzu.org/avatar/0401b41c54beb67d8387daef8cf8f47a?s=80&amp;d=monsterid&amp;r=g"/>
                  </a>
                  <br/>
                  <a class="bbp-author-name" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   颜林林
                  </a>
                  <br/>
                  <div class="bbp-author-role">
                   站长
                  </div>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-author -->
                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   没有什么东西是生来就会的，只要肯努力学习，那就一定能掌握。
                  </p>
                  <p>
                   虽然统计方面我是外行，但就我其它方面的经验，掌握好某种技术或技能（比如统计分析）很重要，而更重要的是在某个领域中用好这种技术或技能。这就是所谓的领域专家比技术专家更有价值的道理。
                  </p>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275064">
                 <div class="bbp-meta">
                  <span class="bbp-reply-post-date">
                   2009年7月30日 上午3:14
                  </span>
                  <span class="bbp-header">
                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15940/">
                    请教一段R程序的意思（本人没学过R,却急需使用一段R程序）
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15940/#post-275064">
                   12 楼
                  </a>
                  <span class="bbp-admin-links">
                  </span>
                 </div>
                 <!-- .bbp-meta -->
                </div>
                <!-- #post-275064 -->
                <div class="odd bbp-parent-forum-999 bbp-parent-topic-15940 bbp-reply-position-12 user-id-88774 post-275064 reply type-reply status-publish hentry">
                 <div class="bbp-reply-author">
                  <a class="bbp-author-avatar" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   <img src="http://sdn.geekzu.org/avatar/0401b41c54beb67d8387daef8cf8f47a?s=80&amp;d=monsterid&amp;r=g"/>
                  </a>
                  <br/>
                  <a class="bbp-author-name" href="http://cos.name/cn/profile/88774/" rel="nofollow" title="查看颜林林的档案">
                   颜林林
                  </a>
                  <br/>
                  <div class="bbp-author-role">
                   站长
                  </div>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-author -->
                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   你所指的“一般的聚类过程”是什么？
                  </p>
                  <p>
                   “作者算法大体就是：先把所有文件中数据pool到一起，然后剔除重复值，然后按DNA片段长度进行聚类，把长度差异在1以内的两个片段合并为同一个新片段， 用它们的平均长度作为新片段的长度……如此得到合并好后的新DNA长度。”，你所说的这些内容都在 GclustBin.ftn 函数里了：
                  </p>
                  <pre class="highlight ">GclustBin.ftn &lt;- function(Data.list, Class.Size){
   # class size is the difference between the centers of two classes
   # Taking the lengths aside for clustering
   lengths &lt;- Data.list[[1]][,1]   # 把第一个文件的所有长度数据放入lengths中
   for(i in 2:length(Data.list)){
      lengths &lt;- c(lengths, Data.list[[i]][,1])   # 如果有多个文件，把其他文件的所有长度数据也依次放入lengths中
   }
   lengths &lt;- sort(lengths)  # 排序lengths

   # keeping only non repetitive classes
   
   lengths &lt;- lengths[(lengths-c(0,lengths[1:(length(lengths)-1)]))&gt;0]  # 去掉lengths中的重复项

   # creating a matrix of the unbinned groups
   # 下面一段是构造 Data.mat
   Data.mat &lt;- lengths    # Data.mat的第一列就是上面的不重复的所有长度值
   for(i in 1: length(Data.list)){
      # Data.mat 的第2列以后，依次对应各个文件的峰面积比例的值
      Data.mat &lt;- cbind(Data.mat, rep(0,length(lengths)))
      for(j in 1:length(Data.list[[i]][,1])){
          #  如果有长度完全一样的，则把它们的峰面积加到一起
          Data.mat[Data.mat[,1]==Data.list[[i]][j,1],i+1] &lt;- Data.mat[Data.mat[,1]==Data.list[[i]][j,1],i+1] + Data.list[[i]][j,3]
      }
   }
   # 这样得到的 Data.mat，每一行是一个不重复的长度，以及各个样本中该长度的峰面积（比例）之和。

   # 接下去的这个循环就很简单了，就是根据 Data.mat 的第一列，从最小的差距开始找起，
   # 找出差距小于所给的 Class.Size 的行，把这些行合并。一直到所有的相邻长度的差距都比 Class.Size 大才退出循环。
   # Clustering and binning
   difference &lt;- Data.mat[,1]-c(0,Data.mat[1:(length(Data.mat[,1])-1),1])
   difference &lt;- difference[2:length(difference)]

   while(min(difference) &lt; Class.Size){
      i &lt;- 1
      while((Data.mat[i+1,1]-Data.mat[i,1])&gt;min(difference) &amp;&amp; i &lt;= length(Data.mat[,1])){ 
         i &lt;- i + 1
      }
      Data.sub        &lt;- Data.mat[i,]+Data.mat[i+1,]
      Data.sub[1]     &lt;- Data.sub[1]/2
      Data.mat[i,]    &lt;- Data.sub
      Data.mat[i+1,1] &lt;- 0
      Data.mat   &lt;- Data.mat[Data.mat[,1]&gt;0,]
      difference &lt;- Data.mat[,1]-c(0,Data.mat[1:(length(Data.mat[,1])-1),1])
      difference &lt;- difference[2:length(difference)]
   }
   return(Data.mat)
}
</pre>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275063">
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                   2009年7月30日 上午2:48
                  </span>
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                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15940/">
                    请教一段R程序的意思（本人没学过R,却急需使用一段R程序）
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15940/#post-275063">
                   11 楼
                  </a>
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                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   sample1.txt 的数据只得到一条结果，跟 Gfiltering.ftn 的第二个参数Sdev有关。该函数用Sdev*Peak.std 的数值作为阈值来选取数据，而Peak.std是某个样本文件中的各项峰面积所占总的峰面积的比例（估计是用来当作各项数据的权重）的标准差。
                  </p>
                  <p>
                   所给的程序，调用 B.Data &lt;- Gfiltering.ftn(B.list, 3)，其实循环是把峰面积超过其3倍标准差的所有数值都给挑选出来，这应该还是跟所给的数据有关，如果数据的差异很小，估计就一条数据都挑不出来了。
                  </p>
                  <p>
                   我尝试了一下，如果该参数传入1（即B.Data &lt;- Gfiltering.ftn(B.list, 1)），则对于现有sample1.txt，能在选取peak的过程中得到多条数据，从而后面的程序也能正确执行。但我不清楚该参数的具体取值有什么要求。
                  </p>
                  <p>
                   而至于出现的错误，我估计还是源程序对各种数据的适应性不够好吧，也或者测序仪本身不会产生这种会导致出错的数据。
                  </p>
                  <p>
                   另外，Gfiltering.ftn 是用于为 GclustBin.ftn 挑选数据的，我不明白为什么想要绕过它？是想对所有数据直接进行聚类？那直接把 B.list 传给 GclustBin.ftn 应该就可以吧？
                  </p>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275056">
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                   2009年7月29日 下午4:16
                  </span>
                  <span class="bbp-header">
                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15958/">
                    IBM12亿美元收购SPSS
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15958/#post-275056">
                   2 楼
                  </a>
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                 </div>
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                  </div>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-author -->
                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   哦？真的吗？
                   <br/>
                   最近学习统计正晕，难道我该找个SPSS来培养培养感情？
                  </p>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275045">
                 <div class="bbp-meta">
                  <span class="bbp-reply-post-date">
                   2009年7月29日 上午11:56
                  </span>
                  <span class="bbp-header">
                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15956/">
                    如何在RedHat9下安装R？
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15956/#post-275045">
                   3 楼
                  </a>
                  <span class="bbp-admin-links">
                  </span>
                 </div>
                 <!-- .bbp-meta -->
                </div>
                <!-- #post-275045 -->
                <div class="even bbp-parent-forum-999 bbp-parent-topic-15956 bbp-reply-position-3 user-id-88774 post-275045 reply type-reply status-publish hentry">
                 <div class="bbp-reply-author">
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                  </a>
                  <br/>
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                   颜林林
                  </a>
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                  <div class="bbp-author-role">
                   站长
                  </div>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-author -->
                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   要不自己下载源码来编译好了。
                  </p>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
                <div class="bbp-reply-header" id="post-275028">
                 <div class="bbp-meta">
                  <span class="bbp-reply-post-date">
                   2009年7月29日 上午3:22
                  </span>
                  <span class="bbp-header">
                   回复：
                   <a class="bbp-topic-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15953/">
                    处理缺失值的问题
                   </a>
                  </span>
                  <a class="bbp-reply-permalink" href="http://cos.name/cn/topic/15953/#post-275028">
                   2 楼
                  </a>
                  <span class="bbp-admin-links">
                  </span>
                 </div>
                 <!-- .bbp-meta -->
                </div>
                <!-- #post-275028 -->
                <div class="odd bbp-parent-forum-999 bbp-parent-topic-15953 bbp-reply-position-2 user-id-88774 post-275028 reply type-reply status-publish hentry">
                 <div class="bbp-reply-author">
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                  </a>
                  <br/>
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                   颜林林
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                   站长
                  </div>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-author -->
                 <div class="bbp-reply-content">
                  <p>
                   if语句的条件要用括号：
                  </p>
                  <pre class="highlight ">x &lt;- c(5, NA, NA, 7, 8, NA)
for (i in 1:length(x)){
    if (is.na(x[i])) {
        x[i] = x[(i-1)]
        }
    }
</pre>
                  <p>
                   如果想要一行语句解决，可以采用如下的比较难懂的算法：[s:11]
                  </p>
                  <pre class="highlight ">x[is.na(x)] &lt;- sapply(which(is.na(x)), function(i) x[i:1][!is.na(x[i:1])][1])
</pre>
                 </div>
                 <!-- .bbp-reply-content -->
                </div>
                <!-- .reply -->
               </li>
               <!-- .bbp-body -->
               <li class="bbp-footer">
                <div class="bbp-reply-author">
                 作者
                </div>
                <div class="bbp-reply-content">
                 帖子
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                <!-- .bbp-reply-content -->
               </li>
               <!-- .bbp-footer -->
              </ul>
              <!-- #topic-0-replies -->
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                </a>
                <span class="page-numbers dots">
                 …
                </span>
                <a class="page-numbers" href="http://cos.name/cn/profile/88774/replies/page/65/">
                 65
                </a>
                <span class="page-numbers current">
                 66
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